การกำจัดขี้แมลงวันมีหลายวิธี เช่น

1. การใช้น้ำยาบางประเภท เช่น กรด TCA (Trichloroacetic Acid) แต้ม วิธีนี้ทำง่ายและสะดวก เสียค่าใช้จ่ายน้อย แต่อาจต้องแต้มหลายครั้ง

2. การจี้ด้วยไฟฟ้า ปัจจุบันนิยมใช้เครื่องมือที่เรียกว่า "Ellman" วิธีนี้ทำง่ายเช่นกัน แต่มีค่าใช้จ่ายบ้างและถ้าเป็นหลายๆจุด อาจจะต้องใช้ยาชาชนิดทา ซึ่งต้องรอประมาณ 50 -60 นาที เพื่อให้ยาชาออกฤทธิ์เต็มที่

3. การยิงด้วยเลเซอร์ ค่าใช้จ่ายสูงกว่า 2 วิธีแรก แต่มีความแม่นยำสูง และทำให้ขี้แมลงวันหายได้โดยการยิงเลเซอร์เพียงครั้งเดียว

ถ้าเป็นขี้แมลงวันที่เพิ่งเกิดใหม่ๆ ขนาดเล็ก และยังตื้นอยู่ก็อาจใช้เครื่องจี้ไฟฟ้า "Ellman" ซึ่งราคาย่อมเยากว่าการใช้เครื่อง Laser และให้ผลการรักษาที่ดีไม่แพ้ Laser

สำหรับราคานั้นแพทย์จะพิจารณาจากจำนวนขี้แมลงวันและความยากง่ายของการทำ ถ้าเป็นจำนวนมาก แพทย์มักจะคิดราคาเหมารวม ดังนั้นขอให้ปรึกษาแพทย์เป็นกรณีไป